Izrabljeni gorivni elementi se začasno skladiščijo v bazenu za izrabljeno gorivo v zgradbi za rokovanje z gorivom. Bazen je napolnjen z vodo z dodatkom borove kisline za absorpcijo nevtronov, kar zagotavlja, da verižna reakcija v gorivu ne poteka. Voda, ki kroži preko izmenjalnika toplote, hladi izrabljeno gorivo.
Gorivne elemente, ki so dosegli tehnično in ekonomsko mejo uporabnosti, imenujemo izrabljeno jedrsko gorivo. Glede na specifično aktivnost bi spadalo med visokoradioaktivne odpadke, ker pa je sprejeta le odločitev o njegovem začasnem skladiščenju do konca obratovanja NEK, ga imenujemo izrabljeni gorivni elementi.
Izrabljeno jedrsko gorivo lahko skladiščimo:
- v bazenu za izrabljeno jedrsko gorivo (mokro skladiščenje, aktivno hlajenje),
- v posebnih zabojnikih (suho skladiščenje, pasivno hlajenje) – načrtovano.
V skladu s sprejeto strategijo ga skladiščimo na območju elektrarne v posebni zgradbi, in sicer v bazenu za izrabljeno gorivo.. Bazen je dolg 16 m, širok 8 m in globok 12 m, v njem pa je dovolj rešetk (stojal) za 1694 izrabljenih gorivnih elementov. Vodi je dodana borova kislina. Debela plast vode je hkrati ščit pred sevanjem in sredstvo za odvajanje toplote. Osemmetrski sloj vode nad izrabljenimi gorivnimi elementi zagotavlja dobro zaščito pred sevanjem.
Količina zaostale toplote in sevanja se s časom zmanjšujeta, kar po petih letih skladiščenja v bazenu omogoča prehod na suho skladiščenje izrabljenega goriva. Pri obstoječem t. i. mokrem skladiščenju izrabljenega goriva v bazenu se za hlajenje vode uporabljajo izmenjalniki toplote in črpalke.